三班两倒工作制下，年休假扣除加班时间合理吗

休年假扣加班费不合理。依据《中华人民共和国劳动法》第四十四条，加班费是劳动者额外劳动的报酬，不应因休年假而扣除。若扣除，将损害劳动者合法权益，影响工作积极性和生活品质。
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不合理。处理方式：1.与单位沟通，明确表达加班费不应被扣除的立场；2.若沟通无果，收集加班证据，向劳动监察部门投诉；3.若投诉未解决，准备相关材料，申请劳动仲裁，维护自身权益。
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处理此问题，可协商、投诉或仲裁。建议先与单位协商，无果后向劳动监察部门投诉，仍无法解决则申请劳动仲裁，根据具体情况选择最佳方式。